Jean Paulo é goleiro do Cerro Porteño, tradicional time do Paraguai e iniciou sua carreira nas categorias de base do Bahia sendo promovido ao time principal em 2015. Em 2017 foi contratado pelo Tricolor Paulista depois de especulações de diversos outros clubes, entre eles, Real Madrid, Benfica e Paris Saint-Germain.

Em 2020 foi emprestado ao Atlético Goianiense onde anotou seis gols, entre faltas e pênaltis e desde 2021 defende o paraguaio Cerro Porteño clube pelo qual conquistou, no ano passado, o Campeonato Paraguaio.

Jean conta ainda com passagem pela Seleção Brasileira Sub-20, em 2015, e foi convocado para a Copa do Mundo Sub-20, desse mesmo ano, em que o Brasil foi vice-campeão. Na Seleção Olímpica de 2016 conquistou o ouro nos Jogos do Rio de Janeiro.